E' il terzo film ispirato alla ormai nota serie Tv prodotta dalla NBC. Mentre il secondo film s'era concluso con la morte di Spock, il terzo inizia con il dolore dell'equipaggio dell'Enterprise per la perdita dell'amico vulcaniano. Ma Spock sarà morto per davvero? E se la sua anima si fosse trasferita nella mente del medico di bordo McCoy? E se il suo corpo si fosse reincarnato sul pianeta Genesis, il pianeta che sta vivendo in poche ore - quasi fosse un gigantesco organismo vivente - ciò che i pianeti normali fanno in millenni? Se tutto questo fosse vero, allora non resterebbe altro che recuperare Spock. E' quanto si propone di fare l'ammiraglio Kirk con il suo equipaggio, dopo aver rubato l'Enterprise destinata, nei piani della flotta spaziale, alla demolizione. E naturalmente l'impresa di Kirk - dopo scontri stellari con immancabili mostri alieni - sortirà l'effetto sperato.
Robert Rath, un killer professionista desideroso di ritirarsi, cede all'ultima offerta di un misterioso committente con cui dialoga via modem e accetta di uccidere al cimitero il suo "bersaglio umano" che assiste ai funerali del fratello. Ma questi viene invece ucciso da Miguel Bain, che viene arrestato dalla polizia. Liberatosi, Bain tenta di espatriare ma sale sul taxi rubato da Rath per adescarlo. Il giovane Miguel vuole soppiantare Robert, suo idolo, e lo segue in un'altra impresa: recuperare un dischetto rubato dalla pirata informatica Electra, dopo aver eliminato gli acquirenti olandesi. La gara tra i due killer provoca la morte non solo degli olandesi, ma anche di due amici di Electra, che Robert salva da Miguel, guadagnandone la fiducia. I due riescono a vendere il dischetto, e poi scampano all'esplosione della valigia col denaro. Poiché Electra ha previsto la mossa e consegnato un falso dischetto, Rath si fa versare in una banca ai Caraibi 20 milioni di dollari per consegnare i dati mentre il misterioso committente incarica contemporaneamente Miguel di ucciderlo. Il luogo è lo stesso dove 15 anni prima Rath ebbe l'incarico di sparare ad un amico-nemico dello spionaggio sovietico, Nicolai, e Miguel sceglie la stessa finestra dello stesso ormai fatiscente albergo per il colpo. Rath tuttavia gioca d'astuzia, aspettando oltre l'orario di chiusura, fino a che Bain spazientito non scende in banca a controllare. Electra può così salire per togliere l'arma a Bain, ma non riesce a rimuoverla e cade incastrandosi nel pavimento marcito. Miguel tornato all'albergo si appresta a sparare a Robert, costretto ad uscire, ma la donna gli spara con un revolver, ferendolo. Rath riesce a ferire mortalmente Bain, ma riappare a sorpresa Nicolai, che ha finto di farsi uccidere per manovrare a suo piacimento l'ex-rivale: è lui il committente. Bain lo uccide ma, dopo aver tentato di uccidere Rath, viene eliminato da questi. Finalmente tranquilli Robert ed Electra potranno godersi il "malloppo".